Абсолютными противопоказаниями являются тяжелые нарушения работы сердца и дыхательной системы — острый инфаркт миокарда, выраженная сердечная недостаточность, инсульт в острой фазе, тяжелая бронхиальная астма или дыхательная недостаточность. В таких случаях исследование может спровоцировать обострение и проводится только по жизненным показаниям.
От ФГДС лучше воздержаться при острых воспалительных процессах в ротовой полости, глотке или пищеводе, когда прохождение эндоскопа может усилить боль и травмировать воспаленные ткани. К временным ограничениям относят лихорадку, вирусные инфекции, кровотечения из верхних отделов ЖКТ, а также психические состояния, при которых невозможно обеспечить сотрудничество пациента во время процедуры.
Беременность не является строгим противопоказанием, но в первом триместре исследование стараются не делать, если нет экстренной необходимости. Детей и пожилым пациентам ФГДС чаще выполняют с седацией, чтобы исключить стрессовую реакцию.